Pestera este situata in versantul stang al Dunarii, la circa 3 km in aval de comuna Pescarii, in cleantul situat in apropierea stincii Babacai, la 28 m alt. relativa, si 92 m alt. absoluta. Sub intrarea principala exista o nisa in tuf calcaros cu deschiderea orientata SSE, larga de 6 m, adinca de 3 m si inalta de 4 m, luminata, complet concretionata in interior, in care apa care iese din pestera se infiltreaza peste tot si apoi ajungand la sosea este captata intr-un valau.
Intrare principala (F-F’) da intr-un vestibul din care se poate patrunde la dreapta in galeria fosila (42 m lungime), cu intrarea artial zidita, si prevazuta cu o “fereastra” spre Dunare, iar la stanga n sistemul de galerii irigat de cursul de apa subteran, permanent, dar cu debit variabil. Galeria activa reprezinta in cea mai mare parte un sistem de diaclaze in calcarele jurasicului superior, de obicei inclinate spre dreapta (sensul curgerii apei).
Cursul de apa apare in pestera pe sub o scurgere parietala de 8 m inatime, care micsoreaza sectiunea galeriei, determinind o dispozitie sifonala inaccesibila. Sectiunile A-A’ si C-C’ arata ca stadiul actual de curgere libera, a fost precedat, pe alocuri, de un stadiu de curgere fortata prin tunele de presiune dezvoltate pe diaclaze, iar sectiunea B-B’ si doua “tunele” inguste dintr-o galerie secundara indica portiuni in care apa a curs sub presiune, fara un stadiu ulterior de curgere libera. In fundul galeriei principale existi nivele de eroziune. Nu exista acumulari de apa stagnanta dar exista apa de picurare.
Pestera a primit denumirea de “Gaura cu Muscă” deoarece, după o legendã, aici s-a nãscut teribila muscă columbacă (culex columbacensis) dintr-un cap al balaurului cu 12 capete ucis de Iovan Iorgovan “braţ de buzdugan”. În perioada evului mediu această muscă a fãcut ravagii în rândul animalelor.